Protein Molekylvikt Kalkylator

Kategori: Biologi
- november 12, 2025
| |
0
Giltig

Den molekylära vikten av ett protein beräknas genom summan av de genomsnittliga isotopiska massorna för dess aminosyrorester:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Där:

  • \(n_i\) = Antal av varje aminosyra i sekvensen
  • \(MW_i\) = Molekylvikt för varje aminosyra
  • \(n_{peptide}\) = Totalt antal peptidbindningar
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekylvikt för en vattenmolekyl (18,02 Da)

Vad är Protein Molecular Weight Calculator?

Protein Molecular Weight Calculator hjälper till att bestämma den molekylära vikten av ett protein baserat på dess aminosyrasekvens eller sammansättning. Den beräknar också ytterligare egenskaper som teoretisk isoelektrisk punkt (pI), extinktionskoefficient, hydrofobicitet (GRAVY-poäng) och nettoladdning vid pH 7.

Hur man använder kalkylatorn

Kalkylatorn erbjuder flera sätt att mata in proteindata:

  • Sekvensmetod: Ange proteinkedjan med hjälp av enbokstavskoder för aminosyror.
  • Sammansättningsmetod: Mata manuellt in antalet av varje aminosyra.
  • Avancerade alternativ: Tillämpa modifieringar som acetylering, disulfidbindningar eller terminala modifieringar.

Huvudfunktioner

  • Beräknar molekylvikt i både Dalton (Da) och kilodalton (kDa).
  • Bestämmer teoretisk pI baserat på aminosyrors pKa-värden.
  • Beräknar extinktionskoefficient för UV-absorbans vid 280 nm.
  • Uppskattar hydrofobicitet med hjälp av GRAVY-poängen.
  • Tar hänsyn till anpassade modifieringar som fosforylering, metylering och amidation.

Varför är proteinets molekylvikt viktig?

Att känna till ett proteins molekylvikt är avgörande för:

  • Elektroforesanalys (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Masspektrometriidentifiering.
  • Proteinrening och kromatografi.
  • Struktur- och funktionsstudier.

Vanliga frågor

Hur beräknas den teoretiska pI?

Den isoelektriska punkten (pI) är det pH vid vilket proteinet har ingen nettoladdning. Den beräknas med hjälp av Henderson-Hasselbalch-ekvationen:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Vad är extinktionskoefficienten?

Extinktionskoefficienten beräknas med hjälp av antalet tryptofan (W), tyrosin (Y) och cystin (C) rester:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Hur hanterar kalkylatorn modifieringar?

Kalkylatorn låter dig tillämpa olika posttranslationella modifieringar, som läggs till eller dras ifrån proteinets molekylvikt.

Vad är GRAVY-poängen?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY)-poängen är ett mått på proteinets hydrofobicitet. Den beräknas som:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Varför inkluderas vattenmolekylen i beräkningen?

Varje peptidbindning resulterar i förlusten av en vattenmolekyl, så den totala massan justeras därefter.

Slutsats

Protein Molecular Weight Calculator är ett värdefullt verktyg för forskare och studenter inom biokemi och molekylärbiologi. Oavsett om du analyserar proteinstruktur, utför experiment eller tolkar resultat, ger detta verktyg viktiga molekylära egenskaper snabbt och noggrant.